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土壤中的根瘤菌与宿主植物的共生结瘤过程中，豆科植物可以通过分泌氨基酸，有机酸，糖类，有机酚及其他的次级代谢产物的种类及丰度来影响根圈范围内微生物的群体种类及数量。豆科植物可以通过分泌趋化性物质如糖蛋白等协助根瘤菌吸附在合适的侵染位点，从而增加自身被感染的机率。植物还可以分泌抗菌类物质对根系微生物进行筛选，如在Mirabilis jalapa的种子分泌物中分离到一种抗菌肽物质，该物质对根系中的真菌有广谱的杀菌作用，同时对一些革兰氏阳性菌具有抗性，但是对革兰氏阴性菌则没有明显的抑制活性。