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对茅台酒生态功能保护区藻类组成及物种多样性进行研究，结果表明，茅台酒生态功能保护区内共有藻类植物96种，分别隶属于6门8纲15目18科32属。在种类组成上以绿藻和硅藻为主，为保护区内的优势种群。绿藻门藻类共计40种，占比41．7％；其次为硅藻门，有39种，占比40．6％。通过与贵州其他6个自然保护区或区域相比较，茅台酒生态功能保护区藻类植物区系丰富性相对比较贫乏。