小动物手术器械和其他器械灭菌的方法包括蒸汽、化学、干热和放射等方法。任何灭菌方法的可靠性都取决于物品上微生物的数量、种类和自身的抵抗力。另外，物品上存在其他物质可能造成灭菌剂的屏蔽和失活。
　　1 蒸汽灭菌法
　　高压蒸汽灭菌是医院常用的灭菌方法，蒸汽通过凝固和细胞蛋白变性的方法破坏微生物。为保证所有的微生物都被灭活，蒸汽的温度、压力和物品暴露于蒸汽中的时间是灭菌效果的关键所在。如果蒸汽包含在密闭室内，当压力和温度增加时，体积仍然不变。将物品充分暴露于蒸汽下，经一定的温度和压力作用后，微生物即被杀死。用于高压蒸气灭菌的仪器叫高压灭菌器。蒸汽灭菌器分为重力型蒸气灭菌器、快速真空型灭菌器和瞬间灭菌器三类。
　　重力型蒸汽灭菌器是兽医临床中最常见的蒸汽灭菌器，其工作原理是空气比蒸汽的比重大，已灭菌的补充空气可沉入锅内，外部外壳腔和内部的胆之间有狭窄的缝隙，从外部的腔施压的蒸汽经过这个腔进入锅内并环绕着补充气体。锅内的空气由于重力作用向下运动抵达锅底，通过温控活塞排出锅外。当蒸汽蓄积，温度上升时蒸汽释放，活塞关闭。因为蒸汽灭菌器是基于空气移动至高压灭菌器底部的能力来进行灭菌的，因此打包方法和包裹的放置是灭菌效果的关键。重力型蒸汽灭菌器最小的时间-温度标准为132～135℃或121℃，维持15～30分钟。
　　快速真空型灭菌器是将空气从锅内排出、蒸汽注入锅内代替空气从而形成真空的灭菌方法。灭菌方式的特点是在短暂的时间内可比重力型蒸汽灭菌器提供更大的蒸汽穿透力。快速真空型灭菌器维持的最小时间温度标准为132～135℃，维持3～4分钟。
　　瞬间灭菌器，当未打包而没有灭菌的物品需要迅速灭菌的时候，可进行紧急或瞬间灭菌。根据厂商建议的时间和温度将物品打开放于有孔的金属托盘中灭菌。对于可拆卸处理的灭菌物品放在金属托盘中带至手术室。很难无菌转移瞬间灭菌的设备。湿热的托盘比干冷的带有生物屏障的保护性托盘易汇集灰尘、碎片和微生物。这种灭菌的方法仅在无选择的危急情况下使用。对于金属或没有孔的物品，快速重力型灭菌器最小的时间温度标准为132～135℃，维持3分钟。对于有腔隙和孔的金属物品一起灭菌在同样的温度需10分钟。
　　2 化學（气体）灭菌
　　环氧乙烷为易燃易爆的液体，当与二氧化碳或氟里昂混合时则变成有效的灭菌剂，可通过羟基化反应改变微生物的脱氧核糖核酸来达到灭菌效果。不能经受高的蒸汽灭菌温度和压力的器械，需要采用环氧乙烷进行安全的灭菌。灭菌过程通过热和水分的增加得到增强，其最低温度范围为49～60℃，最低温度水平为20%～40%。灭菌需要的时间取决于环氧乙烷的湿度水平、温度和用于灭菌材料的密度和种类。使用时应遵守厂商建议的环氧乙院的处理时间。手术物品的灭菌时间由不同的变量决定，包括物品的大小和组成、制备和打包、使用环氧乙烷灭菌的类型和通气腔的温度穿透形式等，一般根据生产厂家的建议使用。一般来讲，在通气良好的地方最少要七天，在通气装置内为12～18小时。
　　在使用环氧乙烷灭菌前，物品应先进行清洗和干燥，因为水分和有机材料会带有环氧乙烷并留下有毒残留物。如果物品不能分解并清洗掉表面物质，则不能采用这种方式进行灭菌。灭菌时，物品打包后松散地放于灭菌器内让气体自由流通。在灭菌前，尽量将复杂的物品进行拆卸，不能采用环氧乙烷进行灭菌的物品有丙烯酸、某些药学物品和溶液。
　　与环氧乙烷相关的环境和安全危害很多且很严重，因此使用时应遵守生产厂家的使用说明进行，防止对患病动物和医院人员造成损伤。环氧乙烧是腐蚀剂，且当物品不适当地充气时与循环系统接触也可导致恶心、呕吐、头痛、虚弱、上下呼吸道刺激和红细胞被破坏。本品是Ⅰ类致癌物，可导致出生缺陷，因此环氧乙烷可能在不久的将来被禁止使用。
　　3 电离放射法
　　大多数仪器可利用厂商己灭菌的包装打包进行电离放射灭菌。这种方法较昂贵，应用有限。手术室里用电离放射灭菌的常用物品包括缝合材料、海绵纱布、废弃物品、粉末和石油制品。不能用其他灭菌方法对打开后没使用的已灭菌包裹进行再次灭菌，这个操作过程可能会损坏物品和危害身体。