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目的
使用Ion AmliSeq多重PCR定制序列捕获系统及Ion Torrent PGM高通量测序平台对散发肌张力障碍患者进行肌张力障碍致病基因变异检测,以优化检测流程,探讨应用靶序列捕获结合高通量测序进行遗传病遗传诊断辅助临床干预的可能性。
方法对95例确诊的肌张力障碍患者的外周血白细胞DNA使用Ion AmliSeq多重PCR进行靶序列捕获,Ion Torrent PGM平台进行高通量测序,并对所得结果进行Sanger测序验证。
结果本研究使用芯片12张,测序深度为134±44,覆盖度96.12%±0.71%。单张芯片测序周期为6小时(上机测序),单张芯片最高通量可达到900Mb以上。在95例肌张力患者中检出罕见变异71个,经Sanger验证准确率为41.04%,假阳性率58.96%。影响测序筛查质量主要原因在于DNA特殊序列如序列中存在同聚物。
结论Ion Torrent PGM高通量测序平台的使用,具有测序通量高,操作简便,速度快,成本低的优点,可以提高基因突变筛查水平,在合理范围内扩增基因筛选数目,可以协助临床对肌张力障碍的鉴别诊断提供指导作用。