基于同源搜索的甜菜miRNAs计算识别

来源 :生物信息学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：nafei123

【摘要】

：

microRNAs（miRNAs）是一类调控真核基因转录后表达的非编码小分子RNA，在调节生物功能方面起着重要的作用，采用基于同源搜索的计算方法预测未知miRNAs是当前发现和鉴定miRNAs的有效

【作者】

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徐德昌李勇程大友代翠红朱延明

【机构】

：

东北农业大学生命科学学院,轻工业甜菜糖业研究所,哈尔滨工业大学食品科学与工程学院

【出处】

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生物信息学

【发表日期】

：

2008年4期

【关键词】

：

MIRNAS 生物信息学预测甜菜 miRNAs Prediction with Bioinformafies Beet（Beta vulgaris）

【基金项目】

：

国家科技部科研院所技术开发研究专项资金项目(KCSTE-2000-JKZX-021,NCSTE-2007-JKZX-022),,国家自然科学基金项目(30771371),,国家863项目(2001AA231091,2004AA231071),,黑龙江省科技攻关项目(WB07C02),,黑龙江省自然科学基金项目(2004C0314),,哈尔滨工业大学科学研究基金项目(HIT.2003.38)部分资助

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microRNAs（miRNAs）是一类调控真核基因转录后表达的非编码小分子RNA，在调节生物功能方面起着重要的作用，采用基于同源搜索的计算方法预测未知miRNAs是当前发现和鉴定miRNAs的有效策略之一，甜菜是一种重要的制糖工业原料，其miRNAs的识别尚未见报道，本文根据公共数据库中的甜菜EST和GSS信息，采用Blastn同源搜索技术，预测了甜菜（Beta vulgaris）中的候选miRNAs。通过分析候选miRNAs的序列特征，包括碱基错配、二级结构、（A＋U）含量、能量水平等，从中获得了54

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