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针对蛋白质结构预测问题，将构象相似度引人多目标粒子群算法中，以此提而优化结果中Pareto丽猫的多样性和均匀性；同时采用粗粒度蛋白质模型，将其势能函数的能量项拆分作为不同子目标。使用15个蛋白质来评估算法预测性能，并与普通多目标粒子群算法进行比较，证明该算法具有较好的预测精度，是预测蛋白质结构的一种有效方法。