【摘 要】
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文章基于k-mer编码建立了Hash线性索引模型。其基本思想是统计碱基字符出现的频数,将字符进行哈弗曼编码以得到最短的字符编码方式,然后使用该编码方案对k-mer碱基串进行编码
【机 构】
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西安科技大学计算机科学与技术学院,西安科技大学测绘科学与技术学院,西安科技大学电气与控制工程学院
【基金项目】
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陕西省教育厅2015年教学改革研究项目：高校科学与工程计算能力创新培养模式研究, 西安科技大学2016年教育改革项目：以计算思维为导向的Java程序设计课程改革与实践（编号JG14103）.
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文章基于k-mer编码建立了Hash线性索引模型。其基本思想是统计碱基字符出现的频数,将字符进行哈弗曼编码以得到最短的字符编码方式,然后使用该编码方案对k-mer碱基串进行编码,最后得到唯一的Hash值。根据k值的大小,建立相应长度的Hash表,在每个Hash位置下以链表的形式挂接位置信息,从而建立了索引模型。提出一种将四叉树进行编码压缩的索引方案——＂线性Hash编码索引模型＂,消除了四叉树索引模型中父节点内存浪费问题。同时,查询速度从树形的O（log4^n）降到了线性的0（1）,得到很大地提高。
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