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目的建立16S rRNA基因克隆文库分析菌群的方法，用于临床标本菌群分布的检测。方法临床标本直接提取核酸，用16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增、纯化、连接、克隆和测序，建立16S rRNA基因克隆文库，序列与数据库进行比对分析。结果通过16S rRNA基因克隆文库分析，腹泻标本中检出4种细菌，脆弱拟杆菌为绝对优势菌，占91％；腹泻恢复后的粪便标本中菌群呈多样性，检出12种确定种属的细菌，其中脆弱拟杆菌占14％。结论16S rRNA基因克隆文库是一种较好地研究粪便标本菌群的方法，可直接进行粪便标本