病原微生物,尤其是新病原微生物的出现及一些病原微生物的抗药性,使感染性疾病成为危害人类健康的大敌.目前已完成302个(不包括病毒)微生物基因组测序,还有573个重要微生物基因组在测序中,而病原微生物基因组的研究是全基因组测序的重要组成部分,多种重要病原微生物包括流感嗜血杆菌(Hemophilus influenzae)、幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)、结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)、麻风分枝杆菌(Mycobacterium leprae)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)等全基因组序列的公布,极大促进了病原微生物的致病机制及其基因功能的研究,这些DNA序列的信息为进一步研究蛋白质组奠定了良好的基础,目前已建立了很多病原微生物的蛋白质组学数据库.蛋白质组学及比较蛋白质组学主要通过基因组测序信息鉴定菌株中的独特性蛋白质,获得表型水平上菌株差异的相关信息,并对特定的细胞组分进行分析[1]。