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利用CAPS和SSR两种分子标记技术,对野生种多毛和醋栗番茄与栽培种番茄的DNA指纹图谱进行了分析。结果表明,30对CAPS和10对SSR引物中,分别有19对和7对引物产生清晰明显且稳定的多态性条带。利用两种标记共获得了98个标记位点,分析表明SSR标记的检测效率高于CAPS标记。相对于栽培种而言,多毛番茄有16.3%的特异信息,醋栗番茄有10%的特异信息。该些标记为番茄遗传图谱的构建、重要基因的标记及遗传育种提供了有力工具。