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胚胎干细胞基因打靶实验需要从大量的基因转移细胞克隆中经过药物选择和DNA分子水平的鉴定来获得发生同源重组的阳性细胞克隆。将快速简便、灵敏度高的PCR技术和准确可靠的基因组Southern杂交技术相结合，用来对小鼠凝血因子Ⅸ基因打靶事件进行分子鉴定，取得了较好的效果，观察了PCR鉴定的高灵敏度，但有假阳性的存在，用Southern杂交确认弥补这一不足，分析了PCR鉴定中阳性对照的设立和Southern鉴定中探针和内切酶的选择等问题。