故事的主角是一个叫作久保的男孩儿，他虽然只剩一只眼睛，却弹得一手动听的三弦琴，讲得一口好故事，更重要的是，他有一种神奇的魔法，会让纸片变成活物，来演绎他讲述的故事。
　　久保与妈妈相依为命。他的妈妈原来是天上的仙女，却因与凡人半藏（久保爸爸）相恋，遭到身为月神的外公和姨妈追杀，半藏为了保护他们母子身负重伤，再也没见到踪影。
　　久保在梦中用彩纸折出一个小人，酷似他逝去的爸爸——半藏。这个小纸人一直指着一个方向，似乎在为他们指路。于是，久保和猴子玩具“母子”两人，踏上了征程。
　　在收齐宝贝的过程中，他们遇到“一只”失忆的武士。它有武士的功夫，却又是一副甲壳虫的模样。“三人”结伴而行，久保和猴子妈妈聊起很多回忆。渐渐地，甲虫武士开始恢复了记忆，他就是久保的爸爸半藏。
　　久保虽然打败了小姨，却始终不敌外公。外公提醒久保：“想一直做人类，就必须忍受人类的屈辱、脆弱、痛苦。”久保却认为无论这个世界多么糟糕，总是有很美好的地方。
　　他把妈妈的发丝和爸爸的触角做成两根琴弦，装在了自己的三弦琴上。两根代表父母的琴弦以及象征自己的第三根弦，凝聚在一起形成的无限能量，弹奏出动人的曲子。
　　有一天，久保去河边放水灯，想召唤死去的父亲，因而忘记了母亲关于天黑不回家就会被外公挖眼睛的嘱托。夜幕降临，久保被两个小姨发现，要取走久保的另一只眼睛。
　　为了保护久保，妈妈牺牲了自己。临死前，她用法力将自己的魂魄附在猴子玩具上，陪伴久保左右。“妈妈”告诉久保，要想战胜坏人，就必须集齐三件宝物。
　　眼看就要集齐所有宝物，久保突然做了一个梦。他根据梦中白须老人的指引，认定第三件宝贝藏在爸爸的府邸中，于是收起为他指路的小纸人，冲向府邸，不料中了外公设下的圈套。
　　为了保护久保，爸爸妈妈再次搭上了他们的性命。在父母最后一絲力气的保护下，久保飞回小镇，集齐了三样宝物。外公和小姨紧随其后，与其厮打起来。
　　在琴声的感染下，外公放弃了邪恶，变回了人类。久保不再需要躲避黑夜，他再次去河边燃起水灯，灯光里慢慢浮出死去父母的笑脸，一家三人借助这样一种方式终于团聚了。
　　记忆既是力量的所在，也是罪恶的源泉。而当一个穷凶极恶的人最终失去恶的记忆，就成了一个善良的人，对他的救赎就是重新注入美好的记忆。