【摘 要】
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全基因组重测序已经成为生物信息学获取数据的最主要途径之一,但不同二代测序平台的数据质量及稳定性可能存在差异,从而对研究结果产生影响.本研究基于MGISEQ-2000、HiSeq 2000和NovaSeq 60003个测序平台分别对猪DNA样本进行全基因组重测序,分析比较3个平台的原始数据质量、比对质量和SNP变异检测情况,同时以猪50K芯片分型结果为标准评价测序数据SNP分型的准确性,以检验上述3个平台之间是否存在系统性差异.结果表明,3个平台的原始数据量及GC含量相近,测序深度均达到送测要求,平均测序深
【机 构】
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中国农业大学动物科学技术学院,北京 100193;全国畜牧总站畜禽遗传资源保存利用中心,北京 100193;中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京 100193;中国农业科学院农业基因组研究所,广东深
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全基因组重测序已经成为生物信息学获取数据的最主要途径之一,但不同二代测序平台的数据质量及稳定性可能存在差异,从而对研究结果产生影响.本研究基于MGISEQ-2000、HiSeq 2000和NovaSeq 60003个测序平台分别对猪DNA样本进行全基因组重测序,分析比较3个平台的原始数据质量、比对质量和SNP变异检测情况,同时以猪50K芯片分型结果为标准评价测序数据SNP分型的准确性,以检验上述3个平台之间是否存在系统性差异.结果表明,3个平台的原始数据量及GC含量相近,测序深度均达到送测要求,平均测序深度在20X以上,HiSeq 2000和NovaSeq 6000平台Q30以上reads所占比例高于MGISEQ-2000(P<0.01),但两者的重复reads所占比例也高于MGISEQ-2000(P<0.01).MGISEQ-2000在双端比对率、平均比对深度和覆盖度超过20X的位点所占比例方面均高于其他2个平台(P<0.05),而NovaSeq 6000在平均比对深度和覆盖度超过20X的位点占比上又高于HiSeq 2000(P<0.05).MGISEQ-2000的SNP位点判型准确性与HiSeq 2000相似,二者平均准确性均达到97.21％且高于NovaSeq 6000.来自NovaSeq 6000平台的2个样本的SNP位点判型准确性结果远低于其他2个平台的结果,且其在测序稳定性上不如MGISEQ-2000和HiSeq 2000.综上,MGISEQ-2000、HiSeq 2000和NovaSeq 60003个平台的测序性能存在一定差异,但三者的测序数据均达到了生物信息学分析的要求,其中MGISEQ-2000平台在测序质量和稳定性上表现出色,可以为生物信息学分析提供更可靠的重测序数据.
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为有效提取鸡粪发酵液中的游离氨基酸,本文研发了一种游离氨基酸提取方法,即以鸡粪发酵液为原料,经过碱性蛋白酶水解,双水相萃取,利用茚三酮-可见光分光光度法测总氨基酸含量,并探讨了38～52℃(以2℃为梯度)下水解2 h后总游离氨基酸的产率.结果显示:随水解温度升高,水解2 h后鸡粪发酵液中总游离氨基酸的产率先增后减,44℃下产率最大,达65.08 mg/mL;不同温度下的水解效率为η(44℃)>η(46℃)>η(42℃).随着水解时间延长,水解效率逐渐提高,氨基酸产率也随之升高,水解48 h后,氨基酸含量在
采用非等温热重法和两种动力学拟合方法(KAS法和Coats-Redfern法)对14种凉味剂进行了热解动力学分析.结果表明:(1)采用KAS拟合法估算的14种凉味剂的活化能变化范围为48.08～86.26 kJ/mol,且活化能随着转化率的增大而增大;(2)采用Coats-Redfern法求解了14种凉味剂的热解动力学参数(活化能和指前因子),其中异薄荷酮、薄荷素油、异胡薄荷醇、椒样薄荷油的活化能为15.51～43.37 kJ/mol,DL-薄荷醇、WS-23、L-薄荷酮、乙酸薄荷酯、乳酸薄荷酯、WS-3
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