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首先要明确选择医疗保险管理体制应遵循的目标和依据，目标是有效控制费用和提高医疗服务质量，依据为激励机制和权力制衡。要从这个目标和依据来分析卫生部门和社保部门管理医疗保险的有利与不利因素。卫生部门目前若将新农合归口于此，会产生角色的冲突。卫生部门能够进行管理的前提是医疗服务管办分离，公立医疗机构法人化、民营化，脱离行政隶属关系，卫生行政部门从主管者或者主办者转型成监管者。