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国库集中支付制度的建立有利于强化高校的预算管理，进而防范高校的财务风险。但国库集中支付制度下高校财务管理工作中仍然存在一些问题，如资金使用自主权受到一定程度的限制，加大了高校财务管理和会计核算、资金运作和经费筹集以及预算编制的难度。为了保证我国国库集中支付制度的有效运行，高校应建立健全配套的财务管理制度；合理安排预算内外资金；科学编制部门预算；加强对财务会计人员业务技能培训。