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为加强玉米品种管理和知识产权保护,评估确定了一套兼容多技术平台,适于玉米分子鉴定的SNP位点组合,该组合包含384个位点;构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,并针对位点和样品从各个角度进行分析.384个位点全部分布在基因内区域,显示了较好的多态性;MAF、PIC、DP平均值分别为0.39、0.36、0.60,384个位点中88％的位点MAF值高于0.30,98％的位点PIC值高于0.30,98％的位点DP值高于0.50.对335个玉米杂交种进行遗传相似系数两两比较,GD(1?Nei遗传距离)的变异范围为0.60～0.99,GD≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.10％、0.38％、1.40％;GS(相同等位基因比)的变异范围为0.50～0.99,GS≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.03％、0.11％、0.35％.从384个位点中抽取最优位点组合,12个位点组合时品种识别率为0.99,20个位点组合能够识别335个品种.综上所述,本研究报道的384个核心SNP位点具有兼容多平台、高稳定性、高重复性、高品种区分能力,利用核心位点构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,为玉米品种分子鉴定、指纹数据构建以及分子育种提供了关键数据支撑.