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根际微生物是指植物根表及近根土壤中的微生物。根际微生物的研究对于微生物生态学、植物生态学及工业生物技术开发均具有十分重要的意义。为了进行更全面的研究以应对根际微生物研究所面临的复杂挑战，需要将各种生物学研究方法结合起来使用。综述了目前国内外应用较广泛的基于分子生物学的根际微生物研究方法．并对若干主要方法进行了横向比较，重点论述了结合高通量测序技术和基因芯片技术的根际微生物研究方法的新进展，并对相关技术的应用现状及其未来应用前景进行了综述。