【摘 要】
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目的 获得腐食酪螨转录组数据,为后续基因功能研究奠定基础.方法 基于IlluminaHiSeqTM2000高通量测序平台,对腐食酪螨雌雄混合螨体进行测序,采用Trinity软件组装转录本获得单
【机 构】
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南京医科大学附属无锡人民医院检验科(无锡214023)
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目的 获得腐食酪螨转录组数据,为后续基因功能研究奠定基础.方法 基于IlluminaHiSeqTM2000高通量测序平台,对腐食酪螨雌雄混合螨体进行测序,采用Trinity软件组装转录本获得单基因簇(Unigenes).将单基因簇与非冗余蛋白质序列(RefSeq non-redundant protein sequence,NR)数据库、核苷酸序列(nucleotide sequence database,NT)数据库、Swiss-Prot数据库、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库、直系同源簇(clus?ters of orthologous groups,COG)数据库中的蛋白质序列进行比对,对其进行功能注释.将单基因簇按照NR、Swiss-Prot蛋白库优先级顺序进行编码序列(coding sequence,CDS)比对、预测.利用MISA软件对腐食酪螨Unigenes进行简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点分析.使用SOAPsnp技术检测螨虫单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP).结果 转录组测序数据质控后获得4.67 Gb高质量数据,组装后获得51 271个单基因簇,总长度为41 848 995个核苷酸(nucleotide,nt)、平均长度为816nt.将单基因簇与公共数据库进行比对和功能注释后,得到29 053个有功能注释的Unigenes.预测发现27 443条CDS,检测到23 092个SSR位点信息和148 027个SNP位点信息.结论 通过测序技术建立了腐食酪螨转录组数据库,获得了大量腐食酪螨转录本信息,为后续过敏相关基因功能学研究奠定了基础.
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