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为了解2013年~2016年期间福建地区猪流行性腹泻病毒（PEDV）遗传进化规律，收集了福建地区6份PEDV阳性样品进行遗传进化分析。结果表明：6株福建毒株E基因氨基酸序列同源性为99.5%~100%；遗传进化分析表明，6株福建毒株与经典毒株CV777、2010年前中国分离毒株LCZ的亲缘性较远，而与2010年后国内分离毒株以及2013年美国分离毒株亲缘关系最近。说明福建PEDV毒株属于目前国内外流行毒株，分子结构特征分析表明PEDVE基因具备高度保守的特性，可以作为设计疫苗的候选基因。