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目的 手足口病是一种由多种肠道病毒引起的儿童传染病,传染性强,传播途径复杂,在短时间可以造成较大规模的暴发和流行.本研究分析营口地区手足口病流行病学及病原学检测结果,为手足口病预防工作提供依据.方法 采集2016-06-01-2018-10-31营口地区哨点医院和疾控中心手足口病例样本,应用实时荧光定量Real-Time PCR方法检测手足口临床诊断病例的咽拭子和粪便标本中肠道通用病毒EV、肠道病毒EV71型以及柯萨奇CA16病毒,部分肠道通用病毒检测CA16型病毒.分析手足口病性别、时间和年龄分布;比较不同样本中手足口病痛原阳性检出率.结果 2016-2018年共检测1 231份病例,病原阳性率为73.0％(899/1 231),CA16阳性率为25.8％(318/1 231),EV71阳性率为50.4％(620/1 231),其他肠道病毒阳性率为22.0％(271/1 231).在核酸阳性样本中,男女比例为1.4∶1,差异无统计学意义,x2=3.33,P=0.068.手足口病高发月份集中在6～8月份,病例数为1 172例,占总病例数的95.2％(1 172/1 231).主要发病人群集中在3～5岁,2017年＜5岁人群阳性病例为110例,占当年核酸阳性比例的34.4％(110/320).在EV71型肠道病毒中,粪便与咽拭子两组间比较,差异无统计学意义,x2=2.028,P=0.154.而在CA16(x2 =88.807,P＜0.001)与其他肠道病毒(x2=15.463,P＜0.001)阳性标本中,粪便与咽试样本之间相比,差异有统计学意义.结论 2016-2018年营口地区手足口病分别以CA16、EV71及其他肠道病毒阳性为主,每年都以1个类型为主要发病病原体,没有相关性.学龄前儿童是易感人群,但EV71型或重症发病的年龄偏大,发病时间主要集中在6～8月份,同时,粪便样本的阳性率高于咽试样本.