[目的]利用数据挖掘技术探讨王坤根教授诊治功能性消化不良(FD)的证治规律。[方法]建立王坤根教授2008年8月至2013年12月的门诊医案数据库,对数据规范化处理后进行频数分析、关联规则分析等数据挖掘研究。[结果]符合纳入、排除标准医案共408则,餐后不适综合征是老年组FD患者的主要亚型,上腹痛综合征是非老年组FD患者的主要亚型。王坤根教授FD医案中主要证型依次是:肝气犯胃证、脾虚气滞证、胃气不和证、气滞湿阻证、痰热内扰证。主要方剂依次是:二陈汤、左金丸、四君子汤、四逆散、六君子汤、香苏饮、温胆汤。方证间肝气犯胃证与四逆散、左金丸,脾虚气滞证与四君子汤、二陈汤,胃气不和证与香苏饮、二陈汤,气滞湿阻证与二陈汤、平胃散,痰热内扰证与温胆汤、二陈汤存在较强的关联性。药对间制半夏与陈皮、制半夏与茯苓、黄连与淡吴萸、枳壳与川朴、柴胡与白芍、茯苓与白术、陈皮与苏梗、茯苓与党参、柴胡与郁金存在较强的关联性。[结论]老年组与非老年组FD的发病率及亚型分布存在一定差异;疏肝和胃法、疏肝解郁法、和胃降逆法、行气化湿法、清化痰热法是王坤根教授治疗FD的主要治则。