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目的 分析我国豫皖闽浙4省5地区溪蟹并殖吸虫囊蚴核糖体内转录间隔区2 (ITS2)和线粒体细胞色素c氧化酶亚基I (CO1)基因序列,鉴定并殖吸虫囊蚴虫种. 方法 2018年10月至2019年9月,于安徽省休宁县蓝田镇、浙江省永嘉县、河南省济源市邵原镇、福建省政和县及漳州市等5个调查点采集溪蟹,分离溪蟹中并殖吸虫,提取囊蚴基因组DNA,PCR扩增核糖体ITS2和线粒体CO1基因,测序.采用DNA Star拼接各基因测序结果,并进行各序列间的比对,同时与GenBankTM中并殖吸虫基因进行BLAST比对.基于ITS2、CO1序列,以肝片吸虫为外群,采用邻接法构建系统进化树. 结果 安徽省休宁县蓝田镇、浙江省永嘉县、河南省济源市邵原镇、福建省政和县及漳州市等5个调查点的溪蟹并殖吸虫囊蚴阳性率分别为82％ (49/60)、41％(29/70)、55％ (41/74)、65％ (41/63)和45％ (32/71).ITS2、CO1扩增长度依次约为500 bp、450 bp.安徽省休宁县蓝田镇和浙江省永嘉县溪蟹并殖吸虫囊蚴ITS2、CO1与卫氏并殖吸虫(KC417492.1,AF219379.2)的相似性最高,分别为99％～100％、96％～99％,均与卫氏并殖吸虫聚为一支;河南省济源市邵原镇溪蟹并殖吸虫囊蚴ITS2、CO1与斯氏并殖吸虫(KX129924.1、MK568551.1)的相似性最高,分别为98％～ 100％、95％～99％,均与斯氏并殖吸虫聚为一支;福建省政和县溪蟹并殖吸虫囊蚴ITS2与斯氏并殖吸虫(KX 129924.1)的相似性最高,为98％～ 100％,与斯氏、宫崎并殖吸虫聚为一大支(两虫种分支不明显),CO1与宫崎并殖吸虫(AY618823.1、AY618834.1)的相似性最高,为91％～～94％,与宫崎并殖吸虫聚为一支,与斯氏并殖吸虫分支明显;福建省漳州市溪蟹并殖吸虫囊蚴ITS2与卫氏并殖吸虫(KC417492.1)的相似性最高,达100％,CO1与三平正并殖吸虫(AF159595.1)的相似性最高,为97％～～99％,与三平正并殖吸虫聚为一支. 结论 4省5地区溪蟹并殖吸虫囊蚴PCR扩增检出CO1与卫氏、斯氏、宫崎和三平正并殖吸虫高度同源.并殖吸虫CO1可作为并殖吸虫虫种鉴别的潜在分子标记.