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目的：比较肝素原料的3种前处理方法，即磁珠吸附法、琼脂糖凝胶回收法和肝素酶降解法的优劣，并对肝素原料的种属来源进行鉴别。方法分别用磁珠提取试剂盒、琼脂糖凝胶回收试剂盒和肝素酶对肝素原料进行前处理，用商业化的猪、牛、羊种属鉴别试剂盒进行检测。采用荧光定量PCR法对3批肝素原料进行种属来源的鉴别，同时对猪源肝素中掺入的不同比例羊源肝素进行检出限的检测。结果3种不同的前处理方法以肝素酶降解法最快捷、最省时和最经济；种属来源鉴别结果准确。荧光定量PCR法检测猪源肝素中掺入羊源肝素的检出限是0．01％。结论肝素酶降解法能简捷、快速、经济的解决肝素原料中样品前处理的技术难点，结合商业化的猪、牛、羊鉴别试剂盒与荧光定量PCR仪能够简便、快速、准确的对肝素原料种属来源进行鉴别。