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采用水平衰减全反射傅里叶变换红外光谱法测定了菟丝子及其伪品的FTIR,从化学成分方面比较了正伪品之间的差异程度,并采用聚类分析法对菟丝子正伪品4个样品亲缘关系进行研究,FTIR聚类分析结果显示4个样品分为3组,发现基于傅里叶变换红外光谱的聚类分析在反映菟丝子及其伪品化学组成差异程度上具有应用价值。所提出的方法可有效地应用于菟丝子的质量分析。