科研既然是对科学的探究，必然存在太多的不可预期，如果完全按照预算约束执行，会僵化研究方案，难以取得更突出的研究成果
　　全国人大代表、中国社科院法学研究所研究员孙宪忠发现一个奇怪的现象，在他参加评审的国家社科基金项目申报人之中，教授以上级别的科研人员非常少，著名教授申报课题者基本上已经没有了。
　　究其原因，孙宪忠认为，主要是现在的科研经费使用管理制度，对于科研的促进发挥了不友好的作用，使得最有科研能力和经验、也就是以前的科研骨干群体不得不退出项目的申报。
　　因此，孙宪忠的“两会”提案直指当下科研经费使用管理中的显著矛盾，首先，科研经费的使用必须严格依据预先的设想方案，缺乏灵活性。
　　“没有经费头疼，有了经费，用的时候也头疼。”中科院化学研究所一位高级工程师告诉《财经》记者，由于国家项目经费预算非常严格，在做课题预算时要将未来的经费使用情况填报详细，细化到每年多少人次出差、出差人职称、目的地等。
　　预算制过于死板，是科研人员的普遍“痛点”。中国社科院社会学研究所副研究员李炜告诉《财经》记者，对科研活动这种充满探索性的工作，大量具体事项是难以预定的。研究规划和设计只能是纲要式的，不可能精确到截止某年某月某日一定要完成某项工作，花掉某个数量和额度的经费。
　　有人甚至在“知乎”上询问课题经费因规定限制花不出去怎么办。武汉理工大学材料科学与工程学院副院长董丽杰分析，科研既然是对科学的探究，必然存在太多的不可预期的情况发生，如果完全按照预算约束执行，会僵化研究方案，难以取得更突出的成果。
　　科研经费报销限制多到不合情理。北京大学哲学系教授刘华杰就碰到这样的尴尬。他在2013年申请到一个国家社科基金重大项目，经费80万元。但恰赶上各种的严管，以至过了中期检查，还有一半经费未能花出去。按规定，刘华杰从国家社科基金申请来的钱，打入北京大学账号，报销由北京大学具体管理，但北大的管理要求与当初签订的项目合同多有冲突之处，如合同规定的一些项目北大不让报，而北大让报的一些项目又不在合同规定中。
　　现在，刘华杰发愁结题前审计如何过关。而且剩余大笔经费没法用，严重影响到各个子课题组师生的积极性。
　　李炜对科研经费报销制度中的不合理之处深有感触。如按照规定，在社会调查中受访者的报酬要通过银行卡支付，必须提供受访者姓名、身份证和银行卡号。在李炜看来，这违背了社会调查的匿名和隐私保护原则，严行此规定使得大量受访者拒访，延误工期使得科研经费有更多的不必要支出。
　　目前，经费管理制度仅许可劳务报酬一项列支项目预算总数的20%，而这些经费只能支付给课题组成员之外的科研辅助人员、其他临时劳动人员。科研人员不得从科研经费中取得劳动报酬。
　　孙宪忠认为，这一点对于项目主持人、主要承担人尤其不利，因为他们要在科研中承担主要的劳动，而且这一劳动十分辛苦，但是项目经费却不能给予其一分一文的报偿。
　　对此，财政部等部门曾解答为，我国科研人员基本上都是国家工作人员，已经获得工资，不应该再从科研经费中获得报酬。
　　孙宪忠不认可这一回答。他的理由是，如企业等法人自然人的委托项目，是市场化运作，和科研人员的工资没有任何的联系。禁止科研人员从这些课题经费中取得报酬不合理。
　　国外的经费很大比例是用在人工上，依据的是市场定价的基础上，付给课题负责人（PI）以外的博士后等人员。如美国大学教授，如果是9个月岗位，其项目经费可以用来发另外3个月的工资（必须以其现有工资为参照，且在项目申请时的预算里明确列出）;如果是12个月的岗位，则教授不允许从科研经费中支付给自己劳务费。
　　不过，美国东华盛顿大学副教授李宁认为，国内PI的基本工资不高，如果没有课题提成，他们将难以维持比较体面的生活。
　　科研辅助人员的境遇更难，他们难以纳入编制，只能以课题劳务费方式支付报酬，劳务费比例限制在20%-30%。相当一部分科研工作，特别是社会科学研究工作，要雇人帮助PI做各种各样的辅助工作。比如，整理访谈录音资料、录入和清理调查资料、互联网网页资料的汇集等，通常都要外聘科研辅助人员来完成。
　　孙宪忠建议，相关规则应从有利于科研活动、科研人员的角度，给科研人员相应的劳动报酬;尽快缓解当前科研经费预算过于死板、科研经费报销困难方面的急迫问题，让已经立项的资金能够得以使用，发挥应有效益。