【摘 要】
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挖掘特征基因是分析基因表达谱的一项基础工作,但众多的特征基因挖掘方法所挖掘的特征基因集合并不完全一致。本研究试图从生物功能和样本分类能力两个方面,分析比较不同方法
【机 构】
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首都医科大学生物医学工程学院生物信息学系,哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院
【基金项目】
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国家自然基金资助项目(30871394);国家高技术研究发展(863)计划(2007AA02Z329);黑龙江科技攻关(ZJG0501)
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挖掘特征基因是分析基因表达谱的一项基础工作,但众多的特征基因挖掘方法所挖掘的特征基因集合并不完全一致。本研究试图从生物功能和样本分类能力两个方面,分析比较不同方法所挖掘的特征基因的功能一致性,并对RankGene中的八种不同特征基因挖掘方法以及基于八种方法的集成法进行了功能一致性分析。结果显示:无论是生物功能分析还是样本分类能力分析,二分规则、Gini指数、方差总和三种方法的一致性较高;样本分类能力分析中,各方法所挖掘的特征基因对样本的分类准确率均较高,但不能明确区分方法间样本分类能力的优劣。
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