高等学校章程制定主体不仅关涉章程制定的形式合法性,也事关章程内容的实质合法性和合理性。当前关于高等学校章程制定主体的研究存在实质性分歧,不利于理论研究的深入,也影响章程建设的实践。章程制定主体的确立,既要符合法律法规的规定,也要关照当下我国高等学校章程建设的具体情境,强调可实现性。举办者是法定的高等学校章程的制定主体,在条件具备的情况下,举办者可依法委托有关机构具体实施章程制定权。结合教育部核准公布的国内47所高校章程文本,可见我国高等学校章程建设工作已进入新的阶段,但困境依旧存在。破解之道是:一方面完善作为高等学校章程制定基本法律依据的国家教育法律、部门规章等有关章程制定主体的具体规定。另一方面,政府要转变教育行政职能及实现方式,改革参与高等学校治理的工具手段,综合运用诸如教育立法、行政指导、财政手段等。此外,高等学校也需要提升自律意识,优化内部治理环境,以提升基于章程治理的有效性。