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目前对于结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,MTB）耐药性机制研究很多，但主要有三种观点：①细胞壁结构与组成变化，使细胞壁通透性改变，药物通透性降低，产生降解或灭活酶类，改变了药物作用靶位。②可能存在耐药质粒或转座子介导的耐药；在MTB中已经发现了活跃的药物外排泵系统，外排泵能将菌体内药物泵出，使得胞内药物浓度不能有效抑制或杀死分枝杆菌，从而产生耐药性。