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口腔处于人体消化道的最上游，有许多截然不同的微环境，亦是病原体进入人体的主要途径之一。与成年人相比，儿童口腔正常菌群随着生长发育而处于动态变化中，对外界刺激也更为敏感。儿童口腔菌群异常变化，与多种疾病的发生、发展密切相关。因此，通过口腔对儿童进行非侵入性生物样品采集，对某些疾病的快速辅助诊断具有重要意义。笔者拟就儿童口腔菌群的建立及其特点，以及近年对口腔菌群异常变化在儿童哮喘、过敏性紫癜(HSP)、肥胖、阑尾炎和炎症性肠病(IBD)等常见疾病中作用的最新研究进展进行阐述，旨在为儿童非口腔性疾病的辅助诊断提供参考。