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【目的】通过对奶牛MC1R基因核苷酸序列的分析和蛋白结构的预测，探讨奶牛红白花毛色形成的分子机制。【方法】采用PCRRFLP技术对奶牛MC1R基因进行分型，利用生物信息学方法对其蛋白结构特征进行模拟分析。【结果】共检测出与毛色表型有关的3种基因型，其中EE基因型在黑白花奶牛中占优势，ee基因型在红白花奶牛中占优势。蛋白结构预测结果显示，ee基因型个体的缺失突变使蛋白质翻译提前终止，进而引发二级结构改变，导致红白花奶牛个体的出现。【讨论】E等位基因主要与黑色毛色形成有关，e等位基因主要与红色毛色形成有关。