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为了更合理地评估处于相同实验条件下原子钟的绝对频率稳定度，以理论视角分析了算法模型及求解过程，研究了噪声相关条件下绝对频率稳定度的估计方法。用3台原子钟仿真数据对该方法进行了评定，假设噪声独立条件下随着噪声相关性的增强测试结果不断偏离频率稳定度真值；考虑噪声相关条件下测试结果与频率稳定度真值相对误差不超过1．7％。该方法被进一步应用到中国计量科学研究院实验室4台铯原子钟，360天实际测量数据验证了其有效性。