【摘 要】
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为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态
【机 构】
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青海大学农林科学院/青海省蔬菜遗传与生理重点实验室,青海大学省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室
【基金项目】
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国家自然科学基金(31760568,31960590),青海省科技厅重点实验室项目(2020-ZJ-Y02),2019年度中国科学院“西部之光”人才培养计划,青海大学农科拔尖创新人才科研训练项目(NKX201805)
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为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出141132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.
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