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利用Perl，C++语言编写了鉴定和分析简单重复序列的一系列程序，在全基因组水平上分析了拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)简单重复序列的分布及简单重复序列和基因的关系。共发现5652个简单重复序列(≥20bp)，大约每20．6kb有1个简单重复序列。拟南芥各染色体之间简单重复序列的密度基本一致。拟南芥的27480条编码序列中，只有677条编码序列含有。725个简单重复序列，其中的3碱基简单重复序列多数对应的是小的亲水性的氨基酸。在拟南芥和水稻(Dryza saaiva L.)第4号染