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选取我国水稻矮仔占衍生品种24份,应用形态学、等位酶和微卫星(SSR)标记,分析矮仔占衍生品种的遗传差异.聚类分析表明3种方法在鉴别品种的遗传差异上存在较大差异.形态性状和SSR标记均能有效地鉴别24份衍生品种,而等位酶仅能鉴别其中17份.从形态学性状看,以香药糯与其他品种的遗传差异最大,SSR分析以香药糯、珍珠矮11和辐陆选与其他品种的遗传差异较大,而等位酶分析,则以团结1号与其他品种的差异最大.三类标记的遗传距离间虽存在有一定的相关性,但相关系数较小(0.217～0.494),其中,形态学性状与SSR