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近20多年的野外调查发现,陕西秦岭及大巴山地区的鸟类资源丰富,分布有475种鸟类,多为留鸟、夏候鸟和旅鸟。它们中有中国特有鸟类34种,国家Ⅰ级重点保护的鸟类9种,国家Ⅱ级重点保护的鸟类55种,还有28种鸟类被列入中国濒危动物红皮书及11种被列入世界自然保护联盟(IUCN)濒危物种红色名录中。目前因分布在自然保护区内而受到保护的鸟类有390种,占总种数的82.1%。保护区的存在有利于保护秦岭及大巴山地区的鸟类资源。