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2005和2006年对新疆加工番茄根腐病进行较为广泛的采样分离和鉴定，初步明确了腐霉菌（Pythium）、镰刀菌（Fusarium）、丝核菌（Rhizocton）和疫霉菌（Phytophthora）是造成加工番茄根腐的主要致病菌。在苗期，以瓜果腐霉菌（Pythium aphanidermatum）的危害最为严重，其致病性强，感染后发病迅速，造成猝倒，为优势菌；其次为立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）。而在生长中后期，以尖孢镰刀菌（Fusarium oxysponmt）和茄病镰刀菌（Fusa