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短季棉在我国未来棉业可持续发展中有着不可替代的作用。迄今为止，我国已育成近200多个短季棉品种，但却未对其进行系统的遗传多样性分析。本研究则利用RAPD标记对我国29份不同年代不同生态区的早熟短季棉品种进行了遗传多样性的比较分析，使育种工作者更全面地了解早熟短季棉的亲缘关系和遗传基础，并且为指导早熟短季棉育种，合理利用种质资源提供参考数据。