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目的：通过对5个少数民族地区乡镇卫生院基本情况和功能定位的调查，探索少数民族地区乡镇卫生院发展存在的问题及其影响因素。方法：通过问卷调查和定性访谈，描述分析5个少数民族地区乡镇卫生院运行现状和发展过程中存在的问题。结果：5个自治区卫生人员配备不足，新疆每千农业人口乡镇卫生院人员数高出全国平均水平，其余4个自治区与全国水平持平或较低。5个自治区公共卫生服务均未完全开展。结论：5个少数民族地区乡镇卫生院存在两大问题：基本医疗服务专业水平低、效率差，公共卫生服务项目数量少、层次浅，人员配备标准不合理；建议实施县