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痰涂片虽特异性高（〉99％），但敏感性低（30％左右），且不能鉴别非结核分枝杆菌。痰培养的特异性与敏感性均较高，但需时太长。肺外结核病原诊断也非常困难。因此诊断技术目前被认为是在结核控制以及病例管理中的主要障碍。但20世纪80年代以来，由于BACTEC、聚合酶链反应（PCR）、核酸探针（DNA）、分枝杆菌指纹技术等先进技术的应用，结核病病原学诊断有了突破性进展。近几年又有不少新的办法和经验。