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国家重点实验室自主创新能力系统是一个典型的耗散结构系统，由自主创新投入能力、自主创新产出能力、自主创新管理能力和自主创新环境四个子系统构成。通过系统开放机制、远离平衡态机制、随机性涨落机制、非线性机制作用于国家重点实验室自主创新能力系统的自组织演化，即由系统主动调整、跃迁突变，演化到国家重点实验室自主创新能力的高级系统。基于此，进一步探讨了提升国家重点实验室自主创新能力的对策建议。