新公共管理学强调资源的有效利用，认为公共管理部门是通过调配各项资源来提供公共服务，满足社会需求，而财政预算是政府配置公共资源的重要工具，当财政预算的制定与执行不能达到预期目标时，公共资源配置价值会被破坏，这种所面临的不确定性就是风险，绩效评价所要解决的问题就是如何预测风险、发现风险和控制风险，从而保证公共资金使用效益最大化。
　　预算绩效评价的核心是投入产出的配比问题，这是资源配置有效的集中表现，如何资源配置达到帕累托最优。公共项目和企业项目性质不同，企业项目的成本效益均可以通过资金，也就是货币价值来衡量和体现，但公共项目的成本效益关注的不是盈利能力，由此形成了绩效评价的难点问题。解决这一问题核心在于两个方面，一方面是如何合理测量成本，另一方面是如何合理测量效益。
　　无论是对项目，还是对政策、部门整体的绩效评價，评价的基石是理清项目立项合理性和必要性问题。
　　（一）基于政府职能范畴分析
　　预算绩效管理目的是提升政府履职水平，保障政策有效落地。绩效评价作为预算绩效管理的重要环节，应基于“政府职能”开展评价，如项目绩效评价中应关注项目是否与部门职能匹配，是否有效支撑部门职能的实现;部门整体绩效评价中应关注部门发展规划、部门职能、部门工作计划与部门预算的匹配关系;政策绩效评价从政策的落地情况，评价政府职能履行情况，而不单是部门职能的履行情况。
　　（二）基于“政府有形的手”和“市场无形的手”边界分析
　　政府提供公共产品和公共服务是为了解决市场失灵问题，提供满足社会公众需求的产品和服务。但在实施中，哪些属于政府提供，哪些又属于市场提供，边界尚不清晰。这也是绩效评价中的重要问题，可从结果角度，进一步分析政府有形的手伸到哪里是“结果最优”。
　　（三）基于提供公共服务方式分析
　　前面论述了“项目需不需要做”“如果需要做，应由谁负责”，接下来就要解决“怎么做”。《关于政府向社会力量购买服务的指导意见》（国办发〔2013〕96号）指出，按照公开、公平、公正原则，建立健全政府向社会力量购买服务机制，及时、充分向社会公布购买的服务项目、内容以及对承接主体的要求和绩效评价标准等信息，建立健全项目申报、预算编报、组织采购、项目监管、绩效评价的规范化流程。其中，“服务项目目录”是判断“哪些可以购买，哪些不可以购买”标准，但当前各省份的政府购买服务目录还较为宽泛，不够具象化。