微课程教学法以人性化学习理论、课程理论和建构主义学习理论为理论基础，以哲学、心理学、系统论、传播学等理论和方法为深层支撑，完成翻转课堂本土创新体系的架构，在实验过程中呈现出学生综合素养和学习成绩双双提升，教师走上从“演员”向“导演”转型之路，推动课程改革深入发展的良好态势。
　　然而，实验也表明，有教师在研修微课程教学法过程中面临的挑战主要来自三个方面：
　　一、部分教师在提炼达成目标和设计学习任务时遭遇困难，这反映出教师职前所受教育（含基础教育和高等教育）缺乏多维度逻辑思维训练之弊端。
　　解决对策：首先，从结构化分析参透教学内容玄机入手，梳理教材的结构、各结构间相互关系，以及为什么做如此结构安排，这样安排有什么好处，又有什么不足等。如此可以发现编写意图及编写的优缺点，从而游刃有余地处理好教材，提炼出学生课前自主学习的达成目标。久而久之，能发展批判性思维的能力。其次，依据达成目标给出相对应的问题导向的学习任务。问题设计可按照what（含there be和have）、how、why和if分类。如此可覆盖所有有意义的学习内容。此外，如果有不知道“微课”录什么的教师，可以根据哪些学习任务具有挑战性，并以此为主题录制视频。这是微课程教学法独家倡导的需求导向的视频开发方法。
　　二、部分教师设计课堂协作探究主题遭遇困难。这与教师本人由学科为中心的线性教学中培养出来，不适应设计离散性的协作探究主题有关。
　　解决对策：参照项目学习方法，协作探究的主题尽可能来自真实主题，并且优选不仅达意而且学生特别感兴趣的主题从而激发其好奇心，以及参与和创造的热情。
　　三、转变课堂教学行为遭遇困难。这是教师实验翻转课堂中最具挑战性的困难。
　　如果说，课前自主学习任务单是行为主义课程视角与建构主义课程视角的混搭，教师不适应的主要是问题导向的学习任务。那么，翻转课堂的课堂教学关键，就在于协作探究和展示活动，而这恰恰不是线性教学，而是离散性教学。
　　因为，微课程教学法翻转课堂，必须让学生在更为复杂的协作探究中发现问题和解决问题，从而培养创新精神与实践能力。而且，取得探究成果并不是课时翻转课堂的终结，还要进行结构性梳理，以便展示、质疑、阐释。在这个过程中，学生发现问题的敏锐度、逻辑思维的能力、平等探讨学术问题的习惯、语言表达和社会交往的能力等社会化素养，都能得到很好的培养。教师则时刻准备实施问题引导。
　　这样的教学组织形式完全是离散的，行为的转变远比理念的转变艰难得多。况且，如果行为不能转变，已经转变的理念还会重新转回去。
　　解决对策：建议读一读理查德·怀斯曼（Richard Wiseman）的《正能量》中短短3页的开篇——“只有改变，才能提升正能量”，勇敢尝试一下改变教学行为，就会发现微课程教学法的翻转课堂魅力。
　　翻转课堂的课堂教学方式创新，就像一张窗户纸，你不去捅它，就不知道“窗”里发生了什么。一旦捅破了它，你就会重新认识你的学生，重新认识你自己，坚定不移地向着成为点化学生智慧的导师的“转型”之路前行。