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晋江马长期饲养在南亚热带季风气候区的生态条件下，已成为抗高温高湿，适应春夏多雨、秋冬干旱、夏季酷暑自然环境的特殊马种．适应农区的多种用途，据有关文献资料记载，晋江马有千年以上的历史．起先晋江马并没有具体的名称，对这一马种的命名．是起源于1979年福建省畜禽品种资源大普查，晋江县畜牧兽医站完成了《晋江县马种调查报告》，1985年由福建科技出版社出版的《福建省畜禽品种志和图谱》将闽南一带这一马种正式命名为“晋江马”．