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通过对舰艇编队雷达有源干扰资源分配问题的研究分析，将免疫算法应用在编队有源压制干扰资源分配中，构建了分配的数学模型。提出了相关定义和一种能有效表达编队有源压制干扰资源分配的抗体染色体矩阵编码方案，并给出了亲和度算法。在假定情况下进行了仿真计算，得到了有效的有源压制资源分配方案，通过实例验证了算法的正确性和有效性，为求解更复杂的编队干扰资源分配问题提供了参考方案。