【摘 要】
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目的借助生物信息学工具探索上皮性卵巢癌多药耐药相关的生物学通路及SNP位点。方法从基因表达综合数据库的GSE13813芯片数据中筛选出初次术后经铂类和紫杉醇类联合化疗的73
【机 构】
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广西医科大学附属肿瘤医院妇瘤科,广西医科大学研究生学院,广西肿瘤防治研究所实验研究部,广西医科大学医学科学实验中心
【基金项目】
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广西医学科学实验中心开放基金资助项目(KFJJ2011-15)
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目的借助生物信息学工具探索上皮性卵巢癌多药耐药相关的生物学通路及SNP位点。方法从基因表达综合数据库的GSE13813芯片数据中筛选出初次术后经铂类和紫杉醇类联合化疗的73例患者,其中22例为化疗耐药,51例为化疗敏感。采用PLINK软件进行等位基因关联检验分析,对差异表达的SNP位点(P<0.05)采用WebGestalt在线工具和DAVID进行基因通路富集分析,并筛选与上皮性卵巢癌多药耐药相关的共同通路。利用SciMiner工具检索上皮性卵巢癌多药耐药研究相关基因,并用上述方法进行通路分析以交叉验证。最后对通路涉及的SNP及其连锁位点采用Snpfunc网站进行功能预计。结果敏感组和耐药组共有4 978个差异表达的SNP位点。通路分析显示黏附分子、钙离子信号和ErbB信号途径与上皮性卵巢癌多药耐药相关。其中ErbB信号在文献挖掘通路分析中得到交叉验证。11个连锁SNP可通过异常剪接、编码非同义氨基酸等方式改变基因功能,从而影响通路在上皮性卵巢癌联合化疗中的作用。结论通过基因通路富集方法找到3个与上皮性卵巢癌多药耐药相关的通路及一批可能影响通路的功能性SNP位点。检测这些位点有助于预测上皮性卵巢癌联合化疗的反应。
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