随着经济全球化的发展,市场竞争变得越来越激烈,企业能否稳固市场地位,得到长远发展,创新能力尤为关键。通过对上市公司财务数据的分析,得出我国创业板上市公司的平均创新水平在5%左右,这是一种利好现象,但是存在很多影响公司创新水平的因素。因此,本文研究创业板中自然人控股公司中大股东控制对企业创新投入的影响,以及两者综合作用对公司绩效的影响,这对提高公司绩效有着重要的意义。本文选取创业板228家2013年之前上市的公司,筛选出2013-2015年相关数据作为研究对象,以委托代理理论、技术创新理论、公司治理理论为基础,运用EXCEL、SPSS20.0软件对自然人大股东控制、R&D投入与公司绩效之间的关系进行数据处理和回归分析。实证结果表明:第一大股东控股比例、股权集中度、股权制衡度与企业创新投入之间呈现曲线相关关系,其中,剔除股权集中度后,自然人大股东控制与公司绩效之间的关系更加显著;企业创新投入与公司绩效之间呈现U型曲线关系,且研发投入滞后性对公司绩效的影响较为明显,滞后期为2年比滞后期为1年的模型解释力度更强,数据具有更大的相关性。最终,通过选取净资产收益率(ROE)进行稳健性检验,得到自然人大股东控制与R&D投入数据对公司绩效仍具有较好的解释能力。总之,处理好自然人大股东控制、R&D投入之间的关系有利于公司绩效的提升。本文的研究成果希望为自然人控股公司提升公司绩效提供实际参考。