人肾高亲和力钠离子依赖性二羧酸转运蛋白基因的克隆和生物信息学分析

来源 :中国生物化学与分子生物学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:heg_zcg
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为探讨人高亲和力钠离子依赖性二羧酸转运蛋白(human high-affinity sodium-dependent dicarboxylate transporter,hSDCT2 or hNaDC3)基因在人体内的生理功能及其与疾病的关系,借助生物信息学成功地从人肾中克隆了hSDCT2基因(GenBank接收号:AY072810).首先将大鼠SDCT2 cDNA与人EST数据库进行同源性比较,获得具有高度同源性EST片段并用DNAstar软件将它们拼接成EST重叠群.在重叠群上设计PCR引物从人肾总RNA中用RT-PCR扩增出hSDCT2基因并测序,然后用软件对其结构特性、组织分布及基因定位进行分析.序列测定结果显示,hSDCT2开放阅读框为1 809 bp,共编码602个氨基酸.蛋白同源性分析表明,其氨基酸序列与大鼠及小鼠SDCT2分别有85%和87%相同.二级结构分析显示,该蛋白有12个跨膜螺旋区.Northern分析显示,该基因可在肾、肝、脑、胎盘等多种组织中表达,并定位于20号染色体的q12~q13.1.
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