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【目的】明确新疆棉花叶斑病的病原种类。【方法】2016年和2017年在南疆、北疆7个地区30个植棉单位采集典型叶斑病样206份，采用常规组织分离法分离并纯化，依据采样时间、采样地点和菌落特征，在南疆、北疆分苗期和生长后期备选取10个代表性菌株，根据其形态特征，结合rDNA内转录间隔区（Internaltran—scribedspacer，ITS）和组蛋白3基因序刮分析，对病原进行鉴定。【结果】北疆苗期（56月）棉花叶斑病病原以Altemariaalternata为主，A．tenuissima次之；生长后期