从2006年在北京中关村科技园区建立新的股份转让系统到今年1月正式挂牌，新三板经历了整整7年。但若是追根溯源，还得从上世纪90年代初开始说起。
　　1992年7月，中国证券市场研究中心成立全国证券交易自动报价系统（下称“STAQ系统”）。1993年4月，中国证券交易系统公司成立全国电子交易系统（下称“NET系统”），两者都是为了解决非上市公司股权和产权转让问题，俗称“两网”。
　　邓小平南巡讲话以及“十四大”之后，产权交易市场进入发展的高潮时期，却给中国的金融系统安全造成了很大隐患。1998年中央整顿金融秩序，将非上市公司股票视为“场外非法股票交易”，STAQ、NET系统相继关闭。
　　2000年中国产权交易市场出现转机，许多地方恢复、规范、重建了产权交易所。2001年6月，中国证券业协会发布《证券公司代办股份转让服务业务试点办法》，指定申银万国等6家证券公司代办原STAQ和NET系统挂牌公司的股份转让业务。2001年7月16日代办股份转让系统正式开办。
　　代办股份转让系统的设立是为了解决原STAQ、NET系统内挂牌法人股的转让问题以及主板退市问题，俗称“老三板”。但是老三板既不能提供融资渠道，又难以再次转板，股票质量较低，长期被冷落。
　　为了改变我国资本市场柜台交易落后局面，同时为更多高科技成长型企业提供股份流动的机会，2006年初北京中关村科技园区建立新的股份转让系统，被称为“新三板”。
　　2009年7月《证券公司代办股份转让系统中关村科技园区非上市股份有限公司报价转让试点办法》正式实施，为后来新三板市场格局的形成奠定了基础。
　　2009年8月久其软件登陆中小板，成为第一只从新三板转到场内市场的企业。2011年初，新三板规则制度设计初步完成，同年5月新三板进入会签程序，12月新三板挂牌企业突破100家。
　　2012年4月证监会表示将加快推进新三板建设，同年7月23日新三板副主办券商制正式实施。2012年8月3日，证监会称新三板扩容获国务院批准，首批扩大试点。除中关村科技园区之外，新增上海张江、武汉东湖和天津滨海三个国家级高新区。
　　同年9月，作为场外交易市场未来交易平台的全国中小企业股份转让系统有限责任公司在北京注册成立。10月，证监会正式发布了《非上市公众公司监督管理办法》，明确《监管办法》施行前股东超过200人的股份公司纳入监管范围，意味着“新三板”将允许股东人数超过200人。这将有效提高新三板的吸引力，活跃交易。
　　2013年1月16日，新三板低调开板。这意味着以主板、中小板、创业板和新三板为主体的中国多层次资本市场进入新阶段。