利用10对微卫星引物对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)长江水系天然群体、人工选育F4A级群体、F4B级群体以及江苏射阳群体共95个体进行遗传多样性分析。F4A、F4B选育起始群体均来源于固城湖国家级长江水系中华绒螯蟹原种场,射阳群体为江苏省河蟹养殖普遍采用的苗种,其亲本为当地养殖河蟹。结果表明,中华绒螯蟹4个群体的平均观察杂合度(H o)分别为0.8053、0.8197、0.8105、0.8100,平均期望杂合度(H e)分别为0.7149、0.7161、0.7262、0.7286。其中,人工选育F4A级以及B级群体的遗传多样性指数均高于天然群体,但是无显著性差异(P>0.05)。总体而言,本研究中4个群体的遗传多样性均处在较高水平,其中射阳群体的平均期望杂合度最高,天然群体最低,各群体间遗传多样性亦无显著性差异(P>0.05)。聚类分析结果发现,天然群体、F4A级和F4B级选育群体聚为一支,而射阳群体单独聚为一支,表明人工选育中华绒螯蟹群体与长江水系天然群体间没有发生显著性遗传分化。